Zukerman kết hôn với Eugenia Rich vào năm 1968.[8] Họ có hai cô con gái, ca sĩ opera Arianna Zukerman và nhạc sĩ nhạc blues / dân gian Natalia Zukerman.[9][10][11] Họ thường xuyên xuất hiện cùng nhau trong các buổi hòa nhạc cho đến khi ly hôn vào năm 1985. Zukerman sau đó đã kết hôn với nữ diễn viên Tuesday Weld từ năm 1985 đến 1998. Sau đó ông kết hôn lần thứ ba. Ông và người vợ hiện tại, nghệ sĩ cello Amanda Forsyth chủ yếu sống ở thành phố New York. Họ thường xuất hiện với tư cách nghệ sĩ solo cùng nhau.